Bỏ thời hạn kê khai hóa đơn GTGT đầu vào đó là quy định tại Thông tư 219/2013/TT- BTC, công văn 4943/TCT-KK và 414/TCT-KK theo đó: Thời hạn kê khai thuế của hóa đơn đầu vào không còn giới hạn.

Theo Khoản 8 điều 14 Thông tư số 219/2013/TT- BTC ngày 31/12/2013 của Bộ tài chính:

“Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
- Trường hợp DN phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.”

=> Căn cứ quy định trên thì những hóa đơn GTGT đầu vào các bạn có thể được kê khai vô thời hạn (nhưng phải trước khi cơ quan thuế có quyết định thanh tra, kiểm tra thuế).

Chi tiết hơn các bạn có thể xem tại 2 Công văn sau của Tổng cục thuế:
1. Theo Công văn 414/TCT-KK ngày 30/1/2018 của Tổng cục thuế:

"Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp trong tháng 11/2016, Công ty CP sản xuất thương mại và dịch vụ Thiên An phát hiện hóa đơn, chứng từ của các kỳ tính thuế tháng 8/2015, 10/2015, 12/2015 và tháng 11/2016 bị bỏ sót chưa kê khai thì thực hiện kê khai, khấu trừ bổ sung như sau:

- Đối với các hóa đơn đầu ra: Hóa đơn đầu ra xuất bán phát sinh kỳ nào thì thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đó. Đồng thời, đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp kiểm tra, xác minh cụ thể nguyên nhân kê khai chậm, sót các hóa đơn đầu ra của Công ty CP sản xuất thương mại và dịch vụ Thiên An, xác định số thuế phải nộp kê khai thiếu và tính tiền chậm nộp theo quy định.

- Đối với các hóa đơn đầu vào: thời điểm phát hiện hóa đơn bỏ sót kỳ nào thì kê khai, khấu trừ bổ sung tại kỳ tính thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định, kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp người nộp thuế phát hiện hóa đơn, chứng từ của các kỳ trước bị bỏ sót chưa kê khai thì thực hiện kê khai, khấu trừ bổ sung như sau:

1. Thời điểm kê khai hóa đơn đầu vào:

- Thời điểm phát hiện hóa đơn bỏ sót kỳ nào thì kê khai, khấu trừ bổ sung tại kỳ tính thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định, kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.


2. Thời điểm kê khai hóa đơn đầu ra:

- Hóa đơn đầu ra xuất bán phát sinh kỳ nào thì thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn đó theo quy định.

Những hóa đơn đầu vào kê khai sau khi được hoàn thuế GTGT thì sẽ không được khấu trừ.

Chú ý:
- Theo Khoản 14 điều 14 Thông tư số 219/2013/TT- BTC ngày 31/12/2013 của Bộ tài chính:

1.  DN nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế thì chỉ được khấu trừ thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào phát sinh kể từ kỳ đầu tiên kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế.

2. DN nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi chuyển sang nộp thuế theo phương pháp trực tiếp thì được tính số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế mà chưa khấu trừ hết vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN, trừ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào phát sinh trong thời gian nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế.